為減少營業人開立電子發票異常情形，避免影響發票上傳資訊的正確性及消費者兌獎的權益，財政部電子發票整合服務平台每單月7日會針對發生漏上傳電子發票、空白字軌號碼及總分支機構配號檔等異常情形，寄送電子郵件通知營業人，另針對已開立誤用非當期字軌或非主管機關配給之字軌號碼，也會即時寄送電子郵件通知，營業人如有接獲異常改善通知，請儘速檢視並建置檢核機制。
該分局說明並列出開立電子發票常見的異常類型，並提供預防作為與檢核機制如下：
| 異常類型 | 預防作為與檢核機制 |
| 漏上傳發票、空白字軌號碼及總分支機構配號檔 | 1. 每日檢視電子發票上傳結果。 2. 每次期（1、3、5、7、9及11月）開始10日內，上傳上期總分支機構配號檔及空白未使用字軌號碼，並確認上傳已開立（含作廢）發票數量+空白未使用發票數量=當期領用發票數量。 3. 每月（期）比對自有會計帳務系統與電子發票開立系統，確保電子發票資料與營業稅申報資料一致。 |
| 誤用非當期字軌或非主管機關配給之字軌號碼 | 1. 字軌設定應啟用系統自動化功能，避免人工輸入。 2. 至電子發票整合服務平台下載字軌配號資料（CSV格式），匯入開立發票系統。 3. 委託加值中心協助檢核發票字軌號碼作業。 |
電子發票上傳時限為B2C發票應於開立後48小時內上傳，B2B發票應於開立後7日內上傳。